El dia 1 de març de 1939, es van celebrar a la Girona ocupada els tres primers consells de guerra sumaríssims d’urgència, un a les 9.30; un altre, a les 11.00 i un tercer, a les 12.30.
En total van comparèixer 24 acusats. La sentència de Carles Rahola, jutjat al darrer Consell, es basava sobretot en tres articles seus pels quals va ser acusat de «un delito de rebelión militar». Els fets que van ser considerats provats a la sentència del tribunal militar són:
a) Ser un dels més destacats separatistes de Girona.
b) Ser col·laborador assidu del diari separatista L’Autonomista.
c) Haver «alentado» les masses a prolongar la seva resistència enfront els franquistes, amb articles com els tres que cita.
d) Ser un element «influyente entre los elementos marxistas» com demostrava el fet d’haver «favorecido a determinadas personas de derechas».
Aquest últim punt es refereix al fet que Rahola, durant la guerra, havia salvat persones de dretes i capellans, intercedint per ells davant els republicans. El fiscal, lluny d’acceptar-ho com un atenuant, ho considerà com un agreujant, ja que si Rahola havia pogut salvar-los, era perquè ell era un personatge «rojo-separatista» important i per això li feien cas.
Dels altres punts, només comentarem que Rahola era profundament federalista i, per tant, de cap manera separatista. Però els franquistes identificaven catalanista amb separatista i Rahola sí que se sentia molt catalanista. D’altra banda, sembla que a la causa no hi havia cap exemplar de L’Autonomista i que cap membre del tribunal tampoc no n’havia vist mai cap. La sentència, amb falsedat, qualifica el diari de separatista, quan, en realitat se subtitulava “Diari federalista republicà d’avisos i notícies”. I, finalment, en els fets provats en què es fonamenta la sentència, se citen els tres textos a què ja hem fet referència i que llegirem més endavant. A la causa només n’apareixen dos, traduïts al castellà. Del tercer, «El heroísmo», no hi ha ni l’original català ni la traducció castellana. Per tant, en la sentència el tribunal declara, que constitueix «un delito de rebelión militar» un text de Carles Rahola que ni el jutge militar instructor ni els membres del tribunal no havien vist.
En el judici, brevíssim, el fiscal reconeixia certament que Rahola no havia comès cap assassinat ni robatori. Però afegia que amb els seus escrits havia comès un crim igual o major. I, per tot això, va demanar la pena de mort per a Carles Rahola. El defensor va prendre la paraula després de la intervenció del fiscal. Havia de defensar vuit persones (Carles Rahola i set acusats més) i només feia vint-i-quatre hores que l’havien designat defensor d’aquells acusats. Amb prou feines havia tingut temps de llegir les causes i tampoc no havia pogut parlar amb els processats. Va demanar que s’imposés als processats una pena inferior a la demanada pel fiscal. Sabia que qualsevol altra petició era inútil. La qüestió era salvar-los de la pena de mort, encara que s’haguessin de passar uns anys a la presó.
El judici contra aquelles persones va durar aproximadament una hora. En una hora, es van demanar sis penes de mort, una de sis anys de presó i una de cadena perpètua. Acabat el judici, el tribunal es va retirar a deliberar en secret i a dictar sentència.